Moin,
das Paket php5-common sollte man nicht unbedingt deinstallieren (müssen). Problem ist die folgende Abhängigkeitskette:
kopano4ucs-webapp (das ist die »Webapp«-App) → kopano-webapp-plugin-filesbackend-smb → php-libsmbclient → php5 → php5-common
Daher ist auch klar, warum das Entfernen von php5-common zum Entfernen der Webapp-App führt.
Das ursprüngliche Problem sind ja die Fehlermeldungen, die vom php5-Befehl ausgegeben werden, weil das MAPI-Modul nicht mehr gefunden wird. Das wiederum kann man schlicht und ergreifend dadurch verhindern, dass das MAPI-Modul überhaupt geladen wird (es wird nur von der Kopano-Webapp verwendet, insofern wird es für PHP5 auch echt nicht mehr benötigt). Das geschieht in vermutlich über die Datei /etc/php5/mods-available/kopano.ini, die aus dem Verzeichnis /etc/php5/cli/conf.d/ heraus gesymlinkt wird. Einfach den Symlink löschen, und schon sollten die Fehlermeldungen nicht mehr auftreten. Das geht übrigens in einer Standardsituation am Einfachsten mit einem simplen Aufruf: php5dismod kopano
Den Cron-Job zu deaktivieren, ist auch keine gute Idee, weil dann alte Session-Dateien nicht mehr entfernt werden. Das kann im schlimmsten Fall dazu führen, dass das Dateisystem irgendwann voll läuft.
Edit/Nachtrag: das Entfernen von php5-common mit automatischer Entfernung der Webapp mit anschließendem Neuinstallieren der Webapp »funktioniert« deshalb, weil beim Entfernen von php5-common nun mal halt auch der Symlink mit dem Laden des MAPI-Moduls mit entfernt wird. Beim Neuinstallieren der Kopano-Webapp wird dann über die oben genannte Abhängigkeitskette zwar auch php5-common wieder installiert, aber das MAPI-Modul für PHP5 halt nicht wieder aktiviert. Ergo: auch keine Warnungen mehr.
Gruß
mosu