Hallo,
docker prune
gibt es erst mit dem ganz frischen Docker 1.13.
Container sollten eigentlich keine zurückbleiben, Images hingegen schon. Falls die aus Platzgründen entfernt werden müssen, ist vermutlich der beste Weg, sich mit docker images
die Images und deren IDs aufzulisten und dann mit folgendem Befehl zu entfernen:
docker rmi --help
Usage: docker rmi [OPTIONS] IMAGE [IMAGE...]
Remove one or more images
-f, --force=false Force removal of the image
--help=false Print usage
--no-prune=false Do not delete untagged parents