Moin Michael
da du bestimmt die Nextcloud von UCS nimmst, läuft sie ja im Docker. Ich habe auf meinem Fileserver eine Freigabe für die Cloud erstellt und diese per external storage eingebunden. Somit ist diese Freigabe unter Kontrolle der Cloud und ich habe die Daten im normalen backup mit drin und kann lokal auch über das Filessystem etwas einspielen. Vielleicht ist das eine Idee für dich.
https://docs.nextcloud.com/server/17/admin_manual/configuration_files/external_storage/smb.html
Das was du mit den Systemen erlebt hast, kann ich bestätigen. Ich mache das auch über 20 Jahre und habe viele Daten gerettet, da Kunden beratungsresistent waren und am Backup sparten. Man wächst mit der Aufgabe 
Das mit dem Trennen der Datenbereiche finde ich eine gute Idee. Viel Glück dabei und wenn du wieder einmal Hilfe benötigst, weißt du ja wo du sie bekommest
Grüße aus Berlin
Ben