Das wird so mit UCS und der aktuellen ownCloud-Integration aus dem AppCenter nicht funktionieren.
Wer ownCloud so betreiben möchte, dass es direkt auf (z.B.) cloud.meinedomain.com reagiert, wird immer das DocRoot auf das owncloud-Verzeichnis setzen. Damit entzieht man aber dem Apachen alle anderen Sites und UCS selbst wird nicht mehr richtig funktionieren.
Die ownCloud-Integration aus dem Appcenter bringt eine Site-Konfiguration mit die “/owncloud” auf dem Hostnamen (bzw. dem, was Apache als Hostnamen kennt), verfügbar macht.
Der einzig sinnvolle Ansatz, der zudem auch halbwegs updatefest scheint, ist in der Tat die Konfiguration eines zusätzlichen Hostnamen, also sowas wie owncloud.meinedomain.com als Alternative zu host.meinedomain.com/owncloud. Und wie das geht, sollt in dem von Ihnen angegebenen Thread beschrieben sein.