welche verwendet wird, hängt von der Apache-Konfiguration ab. PHP läuft höchstwahrscheinlich als Modul und nicht via CGI, also ist es das apache2-Unterverzeichnis. Und aktuelles Kopano nutzt PHP 7.0 auf UCS 4.3 — sprich in der Standardkonfiguration ist die richtige Datei /etc/php/7.0/apache2/php.ini.
Zu prüfen mit dpkg -l | grep 'libapache2-mod-php' und cat /etc/apache2/mods-enabled/php*load
Nach Änderungen Reload vom Apache nicht vergessen.
Die libapache2-mod-php5 kann man dann bei Zeiten auch mal deinstallieren. Beide gleichzeitig kann man eh nicht einsetzen (zumindest nicht in derselben Apache-Instanz).