Wo die liegen, hat Herr Tröder ja schon beantwortet. Konfigurieren lässt sich das mit Bordmitteln nicht. Natürlich könnten Sie die entsprechenden Konfigurationsdateien von Hand ändern, aber das erschwert wie immer die Updates und ist daher alles andere als ratsam.
Eine Speicherung von E-Mails im Home der Benutzer unterstützt Cyrus übrigens generell nicht; er will immer seine eigene Hierarchie aufziehen. Dovecot hingegen unterstützt beide Varianten. Ob der in UCS enthaltene Dovecot so konfiguriert werden kann, das kann ich allerdings nicht sagen.
Ich habe dieses Problem mit einfachsten Mitteln durch verschieben der entsprechenden Ordner, z.B. auf eine separate Partition, und anlegen von Softlinks gelöst. Standardmäßig liegen sie in /var/spool/cyrus. Die Updates machen hier soweit keine Probleme.