Das ist korrekt so. Der NetworkManager verwendet zumindest unter Ubuntu immer einen intern dnsmasq als DNS-Server. Dieser fungiert als Cache und sollte die Anfragen in diesem Fall an den Master weiterreichen.
Der dnsmasq hat normalerweise eine eigene resolv.conf, in der der Master stehen sollte. Früher war das /var/run/dnsmasq/resolv.conf, aber ich weiß nicht wo die unter Ubuntu 16.04 liegt.