Die Daten von MySQL sind unter /var/lib.
Normalerweise verbindet sich Zarafa (und Kopano) zu MySQL nicht über ein Socket.
Der Fehler sieht aus wie in Fehler nach Upgrade 4.2: Kopano startet nicht mehr
Ich würde zunächst mal ein “ucr commit” auf alle Zarafa-Konfigurationsdateien versuchen.