Oh, schade, das Joinscript hat einen kleinen Mechanismus um zu erkennen, ob es schon mal gelaufen ist und steigt dann gar nicht mehr in den relevanten Teil ein. Kannst du folgende Datei löschen:
/var/lib/univention-appcenter/apps/nextcloud/conf/initial_config_done
und dann nochmal anstoßen?
univention-run-join-scripts --force --run-scripts 50nextcloud.inst
Sorry, das hatte ich nicht auf dem Zettel.