Hallo,
selbstverständlich können Sie UCS 3.1 auf einem root-Server betreiben.
Bezüglich der verwendeten Ports sehen Sie bitte den entsprechenden SDB-Artikel: Auf welche TCP/UDP-Ports des UCS Masters müssen andere UCS-System zugreifen können?. Eine Verbindung über einen VPN-Tunnel mithilfe von openvpn ist selbstverständlich ebenfalls möglich.
Bezüglich eventuell zu beachtender Besonderheiten im verteilten Betrieb mit Zarafa würde ich Sie bitten, sich direkt an Zarafa zu wenden - ich gehe aber davon aus, dass auch hier nichts dagegenspricht.
Mit freundlichen Grüßen,
Tim Petersen