Das ist das Problem. Kurzfristig würde ich das DNS Backend auf LDAP umstellen
# ucr set dns/backend='ldap'
# service bind9 restart
dann funktioniert der Join etc. wieder. Langfristig haben wir das als Issue gerade im Moment offen um es produktseitig zu lösen. Leider liegt die Zone in Ihrem Fall noch am falschen Ort und wird im S4 Backend daher ignoriert (im LDAP Backend nicht).
Es gibt hier: AD Takeover DNS Probleme - #9 by flu noch ein (ungetestetes) Script womit die Zone an den richtigen Ort verschoben werden kann - bitte mit Vorsicht verwenden.