Hallo, klinke mich hier mal ein 
Kann das Szenario von cfrahm aber bestätigen, der Master bleibt der erste DNS-Server, zumindest
bei Installation vom Grundsystem 4.1 und 4.2, wurde vielleicht in 4.3 angepasst.
Aber hier steht jetzt auch etwas mehr zu diesem Thema: https://help.univention.com/t/fail-safe-domain-setup/6682
Ich zitiere:
DNS
Different name servers can be configured via UCR:
root@master:~# ucr search nameserver
nameserver1: 10.200.11.240 The first DNS server to be used.
nameserver2: 10.200.11.1 The second DNS server to be used.
nameserver3: empty The third DNS server to be used.
To improve reliability additional name servers in the domain can be used - for example:root@master:~# ucr set nameserver1=ip of master nameserver2=ip of backup1 nameserver3=ip of backup2
UCS systems with the roles Master, Backup or Slave run their own instance of the BIND nameserver. It is recommended to use this local instance of the BIND namserver as nameserver1 on these systems.
UCS Memberserver do not have their own BIND nameserver, therefore nameserver1-3 need to point to UCS systems with the roles Master, Backup or Slave.UCR settings can also be applied domain wide via UCR policies.
If a DHCP server is in use, it should be configured to send its clients the list of all available DNS servers.
Hilft mir auf jedem Fall auch weiter, weil ich genau auch vor diesem Problem stand, ich aber noch nicht dazu gekommen bin, mich hierum weiter zu kümmern 
Gruß, Oliver