Hallo.
Ich habe an diesem WE eine ähnliche Aufgabe gehabt. Zum Glück konnte ich es lösen, dank Hilfestellung.
Alle Angaben ohne Gewähr! 
Ich denke mit ein paar Handgriffen sollte Kopano kurz raus zu nehmen sein. DIe Daten sollten erhalten bleiben. Zur Ich würde…
- Kopano User und MySQL PW auslesen
- VM, wenn vorhanden, vollständig sichern! Dann kann man ruhiger arbeiten.
- Fetchmail im System auf deaktiviert und gestoppt setzen (falls Fetchmail genutzt).
- SQL Dump von Kopano machen.
- Die Anlagen (Attachment) bleiben erhalten, nach meiner Erfahrung.
- Update von 4.1-5 auf 4.2-2 (oder 4.2-0), siehe hierzu den Link.
- Kopano wieder installieren - Funktionstest
- Evtl. SQL Dump wieder einspielen (glaube ich nicht, dass das erforderlich ist)
Bemerkung: Auf meinem Weg am WE musste ich an einer Stelle auch Kopano raus, wieder rein, spielen. Ich kann leider nicht mehr nachvollziehen warum das so war.
# Kopano User, PW, Datenbank
nano /etc/kopano/server.cfg
# kopanoDbUser, usw.
# SQL Passwort
nano /etc/mysql.secret
# Benutzer wäre dann root + PW
# SQL Dump
mkdir /root/service
mysqldump --single-transaction -ukopanoDbUser -pDasPasswort kopano > /root/service/kopano.sql
Die Sache trifft es zwar nicht so ganz (Links), jedoch könnte es helfen.
Evtl. lungern ja auch tatsächlich noch Reste von Zarafa irgendwo rum
Link #1 https://help.univention.com/t/update-ucs-4-1-5-ucs-4-2-x-zarafa/7383
Link #2 https://help.univention.com/t/ucs-4-2-2-kopano-reste-zarafa/7384/2